肽结合抑制实验测定多肽亲和力方法的基本流程如下：
（1）合成、制备荧光素或 125I 等标记的、能与相应 MHC II 类分子高亲和力结合的已知 Th 细胞表位多肽。
（2）在有蛋白酶抑制剂存在的条件下，将目标多肽和 5～500 nmol/L MHC II 类分子、1～10 nmol/L 标记后 Th 细胞表位多肽一起室温孵育 48 小时。过凝胶柱，分离获得 MHC II 类分子-多肽复合物。
（3）测定 MHCII 类分子-多肽复合物的荧光发射、计数 MHCII 类分子-多肽复合物的 γ 射线 cpm 等，计算抑制率，采用 ICso 代表目标多肽与 MHC II 类分子结合的相对亲和力。
