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微量组织/细胞 RNA 提取

简介

从微量样本中分离 RNA,微量样本包括:微量细胞样本如低至 1 个细胞、流式分选细胞(FACS)样本;微量组织样本如低于 2 μg 的组织样本如穿刺样本(FNA)、激光显微切割(LMD)样本等。

 

B 图的结果显示,即使是单个细胞提取的 RNA,依然可以检测到 β-actin 相对应的 CT 值,且随着细胞数量的增加,相对应的 CT 值也随之表现更好。

原理

RNeasy 系列基于 QIAGEN 经典的硅胶膜柱技术,首先采用了环保无毒的增强型裂解液 Buffer RLT 进行细胞裂解,在让细胞快速破碎完全释放 RNA 的同时,也能抑制 RNase 酶活性避免 RNA 被降解,相关操作更加安全、简便,无需担心因传统酚氯仿方法中的「分层吸液失误」而导致的实验失败,随后仅需加入乙醇并转移到硅胶膜柱上,使 RNA 与硅胶膜高效结合。经过洗涤后,洗脱得到高纯度 RNA。

 

材料与仪器

RNeasy Micro Kit (QIAGEN)

14.3 Mβ-巯基乙醇(β-ME)或 2 M 二硫苏糖醇(DTT)的水溶液

乙醇(70% 和 96%—100%)~K~Hp~M~1~Kp~M无菌、无 RNase 的枪头

离心机(带转子,适用于 2 ml 试管)

涡旋仪器

一次性手套

RNA 稳定试剂:

  • 细胞样本:RNAprotect 细胞试剂或液氮;

  • 组织样本:RNAprotect 组织试剂(仅稳定 RNA)、Allprotect 组织试剂(稳定 DNA、RNA 和蛋白质)或液氮;

样品破碎和均质化设备,根据所选方法选择使用:

  • 胰蛋白酶和 PBS;

  • QIAshredder 均质机;

  • 钝头针头和注射器;

  • 研钵和杵;

  • TissuerRuptor Ⅱ,带 Tissuerruptor 一次性探头;

  • TissueLyser Ⅲ;

用于彻底去除 gDNA 的 RNase-Free DNase Set。

用于从心脏、肌肉和皮肤组织中纯化 RNA,需要用到:

  • QIAGEN 蛋白酶 K(>600 mAU/ml,溶液);

  • 可达到 55°C 的加热块或水浴;

步骤

细胞样本

1. 可将悬浮培养或单层生长的细胞收取或直接裂解细胞。对于组织样本,新鲜采集的组织样本、冻存样本或保存在保护液中的样本,确定组织不要使用超过 5 mg。

2. 加入缓冲液 RLT 裂解细胞。

添加 350 μl 缓冲液 RLT(如果处理细胞低于 1 x 105,则添加 75 μl 缓冲溶液 RLT)。涡旋或移液器混合。

3. 使裂解物均质化。

4. 向裂解液中加入 1 倍体积的 70% 乙醇,用移液器充分混合。不要离心。立即执行步骤 5。

5. 将样品(包括可能形成的任何沉淀物)转移到放置在 2 ml 收集管中的 RNeasy MinElute 硅胶膜柱中。轻轻盖上盖子,以 ≥ 8000 x g(≥ 10000 rpm)的速度离心 15 s。丢弃流出液。

6. 向 RNeasy MinElute 硅胶膜柱中加入 350μl 缓冲液 RW1。轻轻盖上盖子,以 ≥ 8000 x g(≥ 10000 rpm)的速度离心 15 s,清洗硅胶膜柱。丢弃流出液。

可选:如果不需要柱上 DNA 酶消化,则加入 700 μl 缓冲液 RW1,在 ≥ 8000 x g 下离心 15 s,然后丢弃流出液和收集管。_继续执行步骤 10。

7. 将 10μl DNase I 储备溶液加入 70 μl 缓冲液 RDD 中。轻轻翻转试管进行混合。

8. 将 DNase I 孵育混合物(80μl)直接加入 RNeasy MinElute 硅胶膜柱中,并放置(20-30°C)15 min。

9. 向 RNeasy MinElute 硅胶膜柱中加入 350μl 缓冲液 RW1。轻轻盖上盖子,以 ≥ 8000 x g(≥ 10000 rpm)的速度离心 15 s,清洗硅胶膜柱。丢弃流出液和收集管。

10. 将 RNeasy MinElute 硅胶膜柱放入新的 2 ml 收集管中。向硅胶膜柱中加入 500 μl 缓冲液 RPE。轻轻盖上盖子,以 ≥ 8000 x g(≥ 10000 rpm)的速度离心 15 s,清洗硅胶膜柱。丢弃流出液。

11. 向 RNeasy MinElute 硅胶膜柱中加入 500μl 80% 乙醇。轻轻盖上盖子,以 ≥ 8000 x g(≥ 10000 rpm)的速度离心 2 min,清洗旋硅胶膜柱。丢弃流出液和收集管。

注意:离心后,小心地从收集管中取出 RNeasy MinElute 硅胶膜柱,使柱不接触流出液。否则会出现乙醇残留。

12. 将 RNeasy MinElute 硅胶膜柱放入新的 2 ml 收集管中。打开硅胶膜柱的盖子,全速离心 5 min。丢弃流出液和收集管。

干燥硅胶柱膜很重要,因为残留的乙醇可能会干扰下游反应。打开盖子进行离心,确保 RNA 洗脱过程中无乙醇残留。

13. 将 RNeasy MinElute 硅胶膜柱放入新的 1.5 ml 收集管中。将 14μl 无 RNase 的水直接添加到硅胶膜的中心。轻轻盖上盖子,全速离心 1 min 以洗脱 RNA。

注意:不要用少于 10 μl 的无 RNase 水洗脱。

 

注意事项

1. 如采样后不能立即开展 RNA 提取实验,可使用 RNA protect 保护液稳定样本中的 RNA。

2. 当样本为低于 500 个细胞或低于 2 μg 的组织时,建议在细胞裂解液中加入适量的 Carrier RNA,增加总 RNA 的回收率。

3. 如果样本含有高浓度的 RNase, 或是组织样本, 请把 10μlbeta 巯基乙醇或 20 μl 2M DTT 加到 1 ml RLT 裂解液里。此混合液可在室温收藏 1 个月。

4. 使用前请往 RPE 加入 4 倍等体积的无水乙醇。

5. DNase I 母液: 使用注射器和针往干分装 DNase I 加入 550μlRNase-free 水。颠倒混匀, 不要涡旋震荡。 DNase I 可以收藏在-20℃ 收藏 9 个月; 2℃-8℃  6 周。不能反复冻溶。



文章来源: 丁香实验

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