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LAMP(环介导等温扩增)

简介

环介导恒温扩增是指在 60~65 ℃ 等温环境下,DNA 处于动态平衡状态,在此温度下利用 4 种特异引物依靠一种高活性链置换 DNA 聚合酶,使 DNA 在短时间内进行核酸扩增的技术。

反应能产生大量的扩增产物即焦磷酸镁白色沉淀,可以通过肉眼观察白色沉淀的有无来判断靶基因是否存在。

材料与仪器

材料:质粒提取试剂盒、引物、DNA 聚合酶、dNTPs Mix、基因组 DNA;

仪器:梯度 PCR 仪,浊度仪等。

步骤

1. 引物设计

根据美国国立生物技术信息中心(NCBI)(nih.gov)选取目的基因,进行序列比对,根据序列比对结果选择保守区段,运用在线软件 Primer 设计 LAMP 引物,由北京擎科生物科技有限公司合成。

2. 含有目的基因 LAMP 检测模板的制备

扩增目的条带,并连接至适合的载体上,通过单克隆挑菌,摇菌等方法获得目的质粒,并按照说明方法提取质粒。

3. LAMP 反应体系及其优化

1)LAMP 反应体系 

内引物(100 μmol/L)各 0.4 μL、外引物(10 μmol/L)各 0.5 μL、DNA 聚合酶 1 μL、模板 1μL、dNTPs(25 mmol/L)1.4μL、Mg2+(100 mmol/L)1.5μL 和 10 × Thermopol Buffer 2.5 μL,以 ddH2O 补至 25 μL。

2)LAMP 反应体系的优化 

LAMP 反应温度分别设为 60 ℃、61 ℃、62 ℃、63 ℃、64 ℃ 和 65 ℃,以确定体系的最 佳反应温度;反应时间设为 15~60 min/组,共 10 组,各组间隔 5 min;Mg2+ 终浓度梯度分别设为2、4、8、12、16 mmol/L,即分别加入 100 mmol/L

Mg2+ 储存液 0.5、1、2、3、4 μL;不同的内外引物加入终浓度比例分别设为 2:1、4:1、8:1、16:1、32:1(固定添加 0.5 μL 外引物);DNA 聚合酶加入量设为4、8、16、32 U(分别对应加 0.5、1、2、3、4 μL DNA 聚合酶)。

反应结束后,取样品 2.5 μL 和 6× DNA 上样缓冲液 0.5 μL 混合,经2% 琼脂糖凝胶电泳分离后判定检测结果,阳性结果显示特征性阶梯状条带,阴性结果无此特征性条带。

3)目的基因片段 LAMP 检测的特异性和灵敏度

特异性检测以基因组 DNA 为模板(1 μL)进行特异性检测。同时以含有目的基因质粒为阳性对照,在优化过的最 佳反应温度和反应时间下进行反应,反应完成后,经琼脂糖凝胶电泳检测结果。

灵敏度检测:将含有目的基因的质粒,用 ddH2O 稀释成 5、10、50、102、103、104、105copies/μL,取 1 μL 作为模板在优化过的最 佳反应温度和反应时间下进行反应,反应完成后经琼脂糖凝胶电泳检测并判定结果。

4. 延伸反应

筛选出相应的反应体系后,进行变性退火将反应体系(除酶外)在 95 ℃ 加热 5 min 后,冷却,再加入 DNA 聚合酶;等温延伸,在筛选的时间下保温延伸一定时间;终止反应在高于 80 ℃ 的温度下加温 2 min 终止反应。

5. 通过观察白色沉淀的量来检测 LAMP 增产物

随着 LAMP 反应的进行,dNTP 会释放出焦磷酸根离子,生成焦磷酸镁白色沉淀。生成的白色沉淀与反应液中双链 DNA 的量是成正比的,因此可以通过浊度仪检测白色沉淀的量来定性反应的进行程度。只有当反应体系中 dNTP 的量达到 0.5 M 时才有可能肉眼观测到沉淀。

常见问题

1、LAMP 扩增是链置换合成,基因长度最 好在 300 bp 内。

2、LAMP 特异性高,易受到污染产生假阳性,实验过程中要注意,防止污染。



文章来源: 丁香实验

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